La basilica di San Clemente è dedicata a San Clemente Papa, terzo successore di S. Pietro. La caratteristica di questa Basilica è quella di avere diversi strati di costruzione, portati alla luce nel corso di scavi iniziati nel corso del 19° secolo: la basilica inferiore, abbandonata e ricostruita su un livello superiore e, ancora più in profondità, diverse testimonianze di epoca romana, tra cui un mitreo e la zecca di Domiziano.
Molto interessere, tra i partecipanti alla visita guidata, hanno suscitato: il meraviglioso mosaico dell'abside centrale nella basilica superiore, i numerosi affreschi presenti nella basilica inferiore e la tomba di San Cirillo, evangelizzatore degli Slavi e che portò a Roma dalla Crimea le reliquie di San Clemente.
Molto caratteristica la presenza di una sorgente di acqua limpidissima che scorre rumorosa al di sotto dell'ultimo livello del sito archeologico.
